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淺談NTRK fusion

原載自:m.tljr.com.cn[技術(shù)資料頻道]  2019-05-20  瀏覽次數(shù):4353

2018年腫瘤治療的偉大突破必然有一篇是關(guān)于NTRK Fusion的,隨著LOXO-101LOXO-292的數(shù)據(jù)披露,優(yōu)異的臨床數(shù)據(jù)讓科學(xué)家、投資者都非??春?,201811FDA加速批準(zhǔn)larotrectinib上市,僅有30多人的Loxo Oncology被禮來lilly80億美元收購,同時NCCN指南更新,NTRK寫入2019非小細胞肺癌指南,NTRK的巨大成功也帶來了Basket TrialUmbrella Trial的重新思考,NTRK fusion的人群占比不是很高(Figure 1),但是選擇合適的病人入組,帶來了優(yōu)異的緩釋率,Basket Trial方案被越來越多的臨床實驗考慮,選擇病人入組顯得尤為重要,那我們?nèi)绾芜x擇病人?

首先介紹下NTRK的致病機理:

1. 三個NTRK基因(NTRK1NTRK2NTRK3)分別編碼TRK蛋白,依次為TRKA,TRKBTRKC;

2. 作為跨膜蛋白,這些激酶通過配體依賴性起作用,將細胞外信號傳遞到細胞核,刺激細胞生長,增殖和存活,如MAPK / ERKPI3K / AKT途徑(Figure 2)

3. NTRK基因融合導(dǎo)致嵌合體蛋白表達,他保留TRK激酶結(jié)構(gòu)域,但不保留配體結(jié)合域。NTRK基因傾向于與管家基因融合,一旦融合,具有組成型活性。因此導(dǎo)致各種組織類型的實體瘤發(fā)生(Figure 3)

如何檢測NTRK translocation or Fusion?(Figure 4)

Immunohistochemistry(IHC)PDA批準(zhǔn)了abcamAnti-Pan TRK antibody,能同時測NTRK1、NTRK2NTRK3,不能區(qū)分是wide-type還是Fusion,同時不是所有的基因融合都導(dǎo)致蛋白高表達。

DNA fluorescence in situ hybridization(FISH)FISH是根據(jù)融合設(shè)計探針,每個融合類型都需要單獨設(shè)計,未知融合信息的就沒法設(shè)計和檢測。

相比較而言NGS是合適的選擇,其中RNA-Seq為適合,因為DNA層面的斷點一般在內(nèi)含子,內(nèi)含子較大,且往往GC比例高,擴增檢測和生信分析,都會遇到問題,而且不能確定是否轉(zhuǎn)錄,而RNA-seq,斷點明確,容易檢測到,靈敏度高,可以檢測到所有融合信息,也明確發(fā)生了轉(zhuǎn)錄。

因此RNA-seq是臨床選擇病人合適的方法,市場急需對應(yīng)的檢測試劑盒上市,國外已經(jīng)有一些試劑盒被批上市,國內(nèi)暫時還沒有NTRK的檢測試劑盒被批。

好的試劑盒離不開好的標(biāo)準(zhǔn)品,科佰生物推出NTRK RNA標(biāo)準(zhǔn)品,助力臨檢試劑盒的開發(fā)。

現(xiàn)在已經(jīng)開發(fā)的位點如下,全部經(jīng)過QC驗證

 

 

 

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